சங்குபாணி விநாயகர் கோயில், காஞ்சி பேருந்து நிலையத்திலிருந்து நடந்து செல்லும் தொலைவில், காமாட்சியம்மன் ஆலயத்துக்கு அருகில் அமைந்துள்ளது.
கோயில் நகரமாம் காஞ்சியில் உள்ள ஒரு முக்கியமான ஆலயம் இந்த சங்குபாணி விநாயகர் ஆலயம். ஒரு சமயம் தேவர்களுக்கும் அசுரர்களுக்கும் போர் நடந்த போது தேவர்கள் வேதங்களை ஆயுதமாகக் கொண்டு அசுரர்களை தாக்கினர்.
இதனால் அசுரர்கள் வலுவிழந்தனர். இதனை முறியடிக்க அசுரர்கள் திட்டம் தீட்டினர். அதன்படி அசுரர்களில் பேராற்றல் படைத்தவனுமான, சங்கு வடிவில் தொன்றியவனுமான சங்காசுரனிடம் சென்று தங்கள் குறையைக் கூறினர்.
சங்காசுரனும் தன் தம்பியான கமலாசுரனை அனுப்பி பிரம்மனிடமிருந்து வேதங்களை பறித்துவரச் செய்தான். பின்னர் வேதங்களை கடலுக்கடியில் மறைத்து வைத்து தானே காவல் நின்றான். இதனால் மூவுலகங்களில் வேத நெறி ஒழுக்கங்கள் மறைந்து போயின. படைப்பைத் தொடர இயலாமல் வருந்திய பிரம்மன், சிவனிடம் சரணடைந்தார்.
சிவன் விநாயகரால்தான் இப்பிரச்சினைக்கு தீர்வு காண முடியும் என்று கூற, பிரம்மன் விநாயகரை வேண்டினார். விநாயகரும் பிரம்மனின் வேண்டுதலை ஏற்று கர்க்க முனிவரின் வேள்வியிலிருந்து தோன்றிய மயில் மீதேறிச் சென்று சங்காசுரனை அழித்தார். வேதங்களையும் மீட்டெடுத்தார்.
சங்காசுரனை சங்கு வடிவில் தன் கையிலேயே வைத்துக்கொண்டார். அதனாலேயே இவருக்கு சங்குபாணி விநாயகர் என்ற பெயர் வந்தது. மயில் மீதேறி வந்ததால் மயூர விநாயகர் என்றும் அழைக்கப்படுகிறார்.
காஞ்சி சங்கராச்சாரியாரான மகா பெரியவர் காஞ்சியிலிருந்து வெளியூருக்கு புறப்படும்போதும் திரும்பி காஞ்சிக்கு வரும் போதும் இத்தலத்து விநாயகருக்கு 108 தேங்காய் உடைத்த பின்தான் செல்வார் என்பது இத்தலத்து சிறப்பாகும்.
இத்தலத்து விநாயகரை வழிபட்டால் தேவர்களுக்கும் பிரம்மனுக்கும் தீர்ந்தது போல சகல விதமான பிரச்சினைகளும் தீரும் என்பது ஐதீகம்.