திருப்பதி வெங்கடாஜலபதியை தரிசித்த குணசீலர் என்ற பக்தர், காவிரிக்கரையில் இருந்த தனது ஆஸ்ரமத்தில் பெருமாள் எழுந்தருள வேண்டுமென விரும்பினார். இதற்காக தவமிருக்கவே, சுவாமி அவருக்கு காட்சி கொடுத்தார். குணசீலரின் வேண்டுதலின்படி இங்கேயே எழுந்தருளினார். குணசீலரின் பெயரால் அப்பகுதிக்கு குணசீலம் என்ற பெயர் ஏற்பட்டது.
ஒரு சமயம் குணசீலரின் குரு தால்பியர், தன்னுடன் இருக்கும்படி அவரை அழைத்தார். குணசீலர் தன் சீடன் ஒருவனிடம், பெருமாளை ஒப்படைத்து தினமும் பூஜை செய்யும்படி சொல்லிவிட்டு சென்றுவிட்டார். அப்போது குணசீலம் காடாக இருந்தது. வன விலங்குகள் சீடன் இருந்த பகுதியை முற்றுகையிட்டன. பயந்துபோன சீடன் அங்கிருந்து ஓடி விட்டான். காலப்போக்கில் பெருமாள் சிலையை புற்று மூடிவிட்டது. ஞானவர்மன் என்ற மன்னன் இப்பகுதியை ஆண்டபோது, அரண்மனைப் பசுக்கள் இப்பகுதிக்கு மேய்ச்சலுக்கு வந்தன. ஒரு சமயம் தொடர்ச்சியாக பாத்திரங்களில் இருந்த பால் மறைந்தது. தகவலறிந்த மன்னன் இந்த அதிசயத்தைக் காண வந்தான். அப்போது ஒலித்த அசரீரி, புற்றுக்குள் சிலை இருப்பதை உணர்த்தியது. மன்னன் சிலையை கண்டெடுத்து கோவில் எழுப்பினான். பிரசன்ன வெங்கடாஜலபதி எனப் பெயர் சூட்டப்பட்டது.
மனக்குறையை தீர்த்து வைத்து, நல்லருள் தரும் நற்குணவானான பெருமாள் குணசீலத்தில் அருள்கிறார். மனநோயாளிகளின் பிரார்த்தனை தலமாகவும் குணசீலம் கோவில் விளங்குகிறது. குணசீல மகரிஷிக்கு முன்பாக திருப்பதி இறைவன் தோன்றினார் என்பதால், திருப்பதிக்கு செல்ல முடியாதவர்கள் குணசேலனைப் பார்வையிட முடியுமென்று நம்புகிறார்கள்.
குணசீலம் ஆலயத்தின் முழுமையான புனரமைப்புடன் கூடுதலாக, தமிழ்நாடு அரசு உரிமத்தின் உத்தியோகபூர்வ முத்திரை கொண்ட மனநல சுகாதார மறுவாழ்வு மையத்தை அறக்கட்டளை அமைத்துள்ளது. இம்மையம் தனிப்பட்ட அறைகள் மற்றும் கழிப்பறை வசதிகள் கொண்டது. ஒவ்வொரு வாரமும் ஒரு மனநல மருத்துவர் மையத்திற்கு வருகிறார். தினசரி அடிப்படையில் இந்த மனநிலை சவாலான மக்களை கவனித்துக்கொள்ளும் தொண்டர்கள் உள்ளனர். 48 நாட்களுக்கு உச்சிகாலம் (நண்பகல்) மற்றும் அர்த்தசாமத்தின் (இரவு) போது ஒவ்வொரு நாளும் இந்த மனச்சோர்வுடைய மக்கள் மீது புனித நீர் தெளிக்கபடுகிறது. அவர்கள் உண்மையாகவே தங்கள் வேண்டுகோள்களை இறைவனிடம் பிரார்த்தித்து, இந்த வழிமுறையை பின்பற்றினால், குணமடைவார்கள் என்று நம்புகிறார்கள்.
கண் நோயால் பாதிக்கப்பட்ட பரத்வாஜரின் சீடர் சுருததேவன், கால் முடத்தால் பாதிக்கப்பட்ட பகுவிராஜ மன்னன் ஆகியோர் இங்கு சுவாமியை வேண்டி பலன் பெற்றுள்ளனர். வாய் பேசாத கூர்ஜரதேசத்து இளவரசன் தேவதாசன், இங்கு வந்து சுவாமியை வணங்கி பேசும் சக்தி பெற்றதுடன், பாசுரமும் பாடியுள்ளான். பார்வைக்கோளாறு, உடல் குறைபாடு உள்ளவர்கள் மன நிம்மதிக்காக வேண்டிக்கொள்கிறார்கள்.